對比外部驅動式直線步進電機與線性導軌搭配使用的應用場景，直線步進電機具有其獨特的優勢，主要體現在以下3個方面：
允許更大的系統安裝誤差：
一般情況下，若使用外部驅動式直線步進電機，如果絲桿和導軌安裝的平行度不佳，則很有可能導致系統卡滯。然而，使用直線步進電機，這種致命性的問題可以得到極大的改善，因為其設計的結構特性，可以允許更大的系統誤差。
不受絲桿臨界轉速的限制：
選用外部驅動式直線步進電機做高速直線運動時，通常會被絲桿的臨界轉速所限制。然而，使用直線步進電機，固定絲桿并做防轉，讓電機帶動線性導軌的滑塊運行。由于絲桿是靜止的，所以在實現高速時則不會受到絲桿臨界轉速的限制。
節省安裝空間：
直線步進電機，因其螺母內置在電機里邊的結構設計，不會額外占用絲桿長度之外的空間。可以在同一根絲桿上可安裝多個電機，電機不能互相“通過”，但是其運動是互相獨立的。因此，對于一些空間要求較為嚴苛的應用場合，是最佳的選擇。
